石徹白の地には石器時代の遺跡が複数あり、
社伝でも縄文時代より磐境に国之常立神の
降神を仰ぎ、祭祀が斎行されていたと伝えられる。
石徹白創業伝記には
御祭神の鎮座の始まりは景行天皇十二「西暦八二」年、
この山中を支配していた古喜美、名を武比古と称する
者が、正月十五日に伊邪那岐大神、伊邪那美大神の
御神託により二神を祀る社殿を立てたという。
泰澄大師白山開基後の天平七「七三五」年
聖武天皇が吉備真備右大臣を勅使として神剣の奉納、
後宇多天皇の朝には神鏡を奉納され、御桜町天皇の朝には
戸張、華鬘を寄進された。
享保十八年には正一位の神位を賜り、万延元年には
神祇官領長上、卜部良義の神宣により白山中居大神宮号を
授与された。